Tên "Filicudi" hiện nay là một sự sửa chữa sai lạc của tên đảo bằng tiếng Hy Lạp cổ Phoenicusa. Đảo này - cũng giống như các đảo khác trong quần đảo Eolie - đã có người cư ngụ từ Thời đại đồ đá mới, khoảng 3.000 năm trước Công nguyên. Theo các di tích khảo cổ tìm được, thì tới thời đại đồ đồng đảo lại có một nhóm cư dân mới. Sau đó đảo bị bỏ hoang trong nhiều thế kỷ, trước khi người Hy Lạp tới định cư. Trên đảo cũng có các di tích của thời Đế quốc La Mã và Đế quốc Byzantine.

Năm 1971, Filicudi trở nên nổi tiếng ở Ý, khi chính phủ Ý quyết định đày 15 tên trùm mafia tới đảo. Dân cư trên đảo đã tấn công tàu chở các tên tội phạm này và tàu đã phải quay về Palermo. Hai ngày sau, chính phủ gửi 3 tàu chiến tới và cho 400 lính đổ bộ lên đảo cùng với 15 tên tội phạm mafia, nhưng cư dân đã từ chối không cung cấp thức ăn và nước uống cho binh lính và tù nhân. Cuối cùng, chính phủ Ý phải nhượng bồ, và gửi các tù nhân nói trên tới đảo Linosa, phía nam Sicilia.

Năm 1989 Filicudi là nơi chót của Ý mới được cung cấp điện để sử dụng, một số người cho rằng đây là hành động trả thù của chính phủ.

Cùng với các đảo khác trong Quần đảo Eolie, Filicudi đã được UNESCO công nhận là di sản thế giới từ năm 2000.